Научный отдел Республиканского специализированного научно-практического медицинского центра хирургии имени академика В. Вахидова является ключевым структурным подразделением, обеспечивающим организацию, координацию и развитие научно-исследовательской деятельности Центра. Научный отдел обеспечивает реализацию программ фундаментальных и прикладных исследований в области кардиохирургии, сосудистой, абдоминальной, трансплантационной, эндоскопической и реконструктивной хирургии. Результаты научных работ активно внедряются в повседневную практику, способствуя повышению эффективности лечения и улучшению качества медицинской помощи. Отдел активно взаимодействует с высшими учебными заведениями, научными центрами и зарубежными клиниками, участвует в международных проектах, а также организует научные конференции, семинары и круглые столы.
Ежегодно сотрудники Центра публикуют десятки научных статей в отечественных и зарубежных изданиях, выступают на международных форумах и конгрессах.

Благодаря деятельности Научного отдела, Центр хирургии имени академика В. Вахидова сохраняет и укрепляет статус ведущего научного и образовательного учреждения, обеспечивающего развитие хирургической науки и внедрение инноваций в систему здравоохранения Республики Узбекистан.
Организация и контроль выполнения научно-исследовательских работ по приоритетным направлениям хирургии
Планирование и координация научной деятельности подразделений Центра
Подготовка и сопровождение диссертационных исследований и научных проектов
Проведение научной экспертизы исследовательских материалов и публикаций
Содействие внедрению научных разработок в клиническую практику
Поддержка молодых учёных и развитие научных школ