Академик В. Воҳидов номидаги Республика ихтисослаштирилган илмий-амалиёт жарроҳлик марказининг илмий бўлими Марказнинг илмий фаолиятини ташкил этиш, мувофиқлаштириш ва ривожлантириш учун масъул бўлган асосий таркибий бўлинма ҳисобланади. Илмий бўлим юрак, қон томир, қорин бўшлиғи, трансплантация, эндоскопик ва реконструктив жарроҳлик соҳаларида фундаментал ва амалий тадқиқот дастурларини амалга оширади. Илмий тадқиқотлар натижалари кундалик амалиётга фаол жорий этилиб, даволаш самарадорлигини оширишга ва тиббий ёрдам сифатини яхшилашга ҳисса қўшади. Бўлим олий таълим муассасалари, илмий марказлар ва халқаро клиникалар билан фаол ҳамкорлик қилади, халқаро лойиҳаларда иштирок этади, илмий конференциялар, семинарлар ва давра суҳбатларини ташкил қилади. Ҳар йили Марказ ходимлари маҳаллий ва халқаро нашрларда ўнлаб илмий мақолалар нашр этадилар ва халқаро форумлар ҳамда конгрессларда иштирок этадилар.
Илмий бўлим фаолияти туфайли В. Воҳидов номидаги жарроҳлик маркази етакчи илмий ва таълим муассасаси сифатидаги мақомини сақлаб қолмоқда ва мустаҳкамламоқда, жарроҳлик фанини ривожлантиришни ва Ўзбекистон Республикаси соғлиқни сақлаш тизимига инновацияларни жорий этишни таъминламоқда.
Жарроҳлик йўналишларидаги устувор мавзулар бўйича илмий-тадқиқот ишларини ташкил этиш ва назорат қилиш
Марказ бўлинмалари ўртасида илмий фаолиятни режалаштириш ва мувофиқлаштириш
Диссертация тадқиқотлари ва илмий лойиҳаларни тайёрлаш ҳамда кузатиб бориш
Илмий ишлар ва нашрларни экспертизадан ўтказиш
Илмий ишланмаларни амалий тиббиётга жорий этиш
Ёш олимларни қўллаб-қувватлаш ва илмий мактабларни ривожлантириш
